王 芳
副研究员,博士生导师
研究方向:癌症生物信息学, 高通量组学测序技术开发
电子邮件: wangf359@mail.sysu.edu.cn
个人简介

中山大学附属第一医院精准医学研究院副研究员博士生导师。毕业于哈尔滨工业大学数学系,2016年2020年在美国MD 安德森癌症中心从事癌症生物信息学博士后研究工作。2020年底入选中山大学“百人计划”青年学术骨干人才受聘为精准医学研究院独立PI,入选广东省珠江人才计划青年拔尖人才。现任中国生物信息学会表观遗传学专业委员会常务委员、中国抗癌协会肿瘤标志物专委会肿瘤测序及大数据分析专家委员会委员、肿瘤多学科诊断组委员。研究成果以第一或通讯作者发表在Nature Methods、Genome Biology、Cancer Research等期刊,并以合作作者身份发表于Cell、Nature Medicine、Nature Biotechnology、Annals of the Rheumatic Diseases 等。

团队介绍

课题组致力于高通量多组学测序数据的系统解析与计算建模,主要研究方向包括:

(1)肿瘤时空异质性与功能靶点挖掘:基于单细胞和空间组学技术解析肿瘤微环境的异质性机制,重建肿瘤的时空演化轨迹,发现关键功能靶点。

(2)单细胞表观组测序技术开发:构建超高通量的单细胞表观组学(ATAC、DNA甲基化)测序平台,绘制疾病与发育过程的表观图谱,并解析细胞表型的表观调控机制。

(3)多组学整合与调控机制解析:结合单细胞CRISPR筛选及多组学测序数据解析基因调控网络,探索驱动肿瘤微环境异质性表型的关键分子与调控机制。

科研项目

国家自然科学基金面上项目,基于单细胞超高通量的鼠肺表观组动态调控图谱解析,2026-2029,主持

国家自然科学基金面上项目,基于单细胞DNA数据的肿瘤轨迹追踪及适应性机制研究,2023-2026,主持

代表性成果

1. Chen W*, Jin B, Cheng C, Peng H, Zhang X, Tan W, Tang R, Lian X, Diao H, Luo N, Li X, Fan J, Shi J, Yin C, Wang J, Peng S, Yu L, Li J, Wu RQ, Kuang DM, Shi GP, Zhou Y*, Wang F*, Jiang X*. Single-cell profiling reveals kidney CD163+dendritic cell participation in human lupus nephritis, Annals of the Rheumatic Diseases, 83, 608-623 (2024).

2. Liu X, Wang X, Yang Q, Luo L, Liu Z, Ren X, Lei K, Li S, Xie Z, Zheng G, Zhang Y, Hao Y, Zhou Q, Hou Y, Fang F, Song W, Cui J, Ma J, Xie W, Shen S, Tang C, Peng S, Yu J, Kuang M, Song X*, Wang F*, Xu L*. Th17 cells secrete TWEAK to trigger epithelial-mesenchymal transition and promote colorectal cancer liver metastasis, Cancer Research, 84, 1352-1371 (2024).

3. Wang Y, Zhang M, Shi J, Zhu Y, Wang X, Zhang S*, Wang F*. Cracking the pattern of tumor evolution based on single-cell copy number alterations, Briefings in Bioinformatics, 2023, 24(6)

4. Wang F, Zhang S, Kim TB, Lin Y, Iqbal R, Wang Z, Mohanty V, Sircar K, Karam JA, Wendl MC, Meric-Bernstam F, Weinstein JN, Ding L, Mills GB, Chen K. Integrated transcriptomic-genomic tool Texomer profilescancer tissues, Nature Methods, 2019, 16, 401-404.

5. Wang F, Wang Q, Mohanty V, Liang S, Dou J, Han J, Minussi DC, Gao R, Ding L, Navin N, Chen K. MEDALT: single-cell copy number lineage tracing enabling gene discovery, Genome Biology, 2021, 22(1): 70

招生招聘

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