谢宇斌 | 中山大学附属一院

个人简介

中山大学理学博士学位。目前为中山大学附属第一医院副研究员。近年来围绕肿瘤多组学大数据分析、肿瘤免疫微环境解析以及生物信息学算法在肿瘤学研究中的应用开展了多项工作，在肿瘤免疫微环境的生物信息学分析挖掘上积累了丰富的研究经验，取得了阶段性成果。以（共同）第一/通讯作者在Journal of Hepatology（IF: 25.7）、Gut （IF: 24.5）、Hepatology (IF: 14.0)、Nucleic Acids Research（IF: 14.9）、 Clinical Cancer Research（IF: 11.5）、 Oncogene（IF: 8.0）等国际知名期刊上发表论文30余篇，总引用1800余次，3篇文章被引频次进入Biology & Biochemistry学术领域最优秀的1%之列（ESI HCP）。主持“科技部重点研发项目”、“国家自然科学基金青年项目”、“广东省自然科学基金面上项目”、“中国博士后基金特别资助项目”等科研项目。获颁软件著作权3项, 独立开发并发布工具16个。

代表性成果

1. Jiang S, Li H, Zhang L, Mu W, Zhang Y, Chen T, Wu J, Tang H, Zheng S, Liu Y, Wu Y, Luo X, Xie Y*, Ren J*. Generic Diagramming Platform (GDP): a comprehensive database of high-quality biomedical graphics. Nucleic Acids Res. 2025 Jan 6;53(D1):D1670-D1676. (Article,Q1,IF=13.1)

2. Xu L*, Zhang Y, Lin Z, Deng X, Ren X, Huang M, Li S, Zhou Q, Fang F, Yang Q, Zheng G, Chen Z, Wu Z, Sun X, Lin J, Shen J, Guo J, Li X, Xue T, Tan J, Lin X, Tan L, Peng H, Shen S, Peng S, Li S, Liang L, Cleary JM, Lai J*, Xie Y*, Kuang M*. FASN-mediated fatty acid biosynthesis remodels immune environment in Clonorchis sinensis infection-related intrahepatic cholangiocarcinoma. J Hepatol. 2024 Aug;81(2):265-277. (Article,Q1,IF=33.0)

3. Chen S*, Liao C, Hu H, Liao J, Chen Z, Li S, Zeng X, Peng B, Shen S, Li D, Li S, Lai J, Peng S*, Xie Y*, Kuang M*. Hypoxia-driven tumor stromal remodeling and immunosuppressive microenvironment in scirrhous HCC. Hepatology. 2024 Apr 1;79(4):780-797. (Article,Q1,IF=15.8)

4. Xie Y*, Chen C, Wu F, Peng Y, Su J, Zhao Y, Huang H, Li ZA, Pei Y, Li W, He Y, Xue T, Cao C*, Peng S*, Zhang X*, Song W*. Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence. Adv Sci (Weinh). 2025 Jul;12(26):e2415835. (Article,Q1,IF=14.1)

5. Xie Y, Li H, Luo X, Li H, Gao Q, Zhang L, Teng Y, Zhao Q, Zuo Z, Ren J*. IBS 2.0: an upgraded illustrator for the visualization of biological sequences. Nucleic Acids Res. 2022 Jul 5;50(W1):W420-W426. (Article,Q1,IF=13.1)

6. Chen L, Chen T, Zhang Y, Lin H, Wang R, Wang Y, Li H, Zuo Z*, Ren J*, Xie Y*. TIRSF: a web server for screening gene signatures to predict Tumor immunotherapy response. Nucleic Acids Res. 2022 Jul 5;50(W1):W761-W767. (Article,Q1,IF=13.1)

7. Luo X, Huang Y, Li H, Luo Y, Zuo Z*, Ren J*, Xie Y*. SPENCER: a comprehensive database for small peptides encoded by noncoding RNAs in cancer patients. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D1373-D1381. (Article,Q1,IF=13.1)

8. Chen S, Xie Y, Cai Y, Hu H, He M, Liu L, Liao C, Wang Y, Wang J, Ren X, Zeng Q, Peng H, Shen S, Li S, Li D, Lai J, Peng B, Ren J, Kuang M*, Peng S*. Multiomic Analysis Reveals Comprehensive Tumor Heterogeneity and Distinct Immune Subtypes in Multifocal Intrahepatic Cholangiocarcinoma. Clin Cancer Res. 2022 May 2;28(9):1896-1910. (Article,Q1,IF=10.2)

科研项目

1. 广东省自然科学基金委员会，面上项目，2020A1515011219，等位基因特异的 m6A 修饰信号鉴定算法的开发与应用，2019/10-2022/9，10万元，结题，主持。

2. 国家自然科学基金委员会，青年科学基金项目，31801105，癌症中蛋白质翻译后修饰相关分子变异的计算挖掘与分析，2019/1-2021/12，25万元，结题，主持。

3. 广东省自然科学基金委员会，自由申请项目，2018A030313323，基于深度学习的蛋白质翻译后修饰计算平台构建， 2019/1-2021/12，10万元，结题，主持。

4. 中国博士后科学基金委员会，站中特别资助项目，2018T110907，症中蛋白质翻译后修饰相关分子变异的计算挖掘与研究，2018/7-2019/12，15万元，结题，主持。

5. 中国博士后科学基金委员会，面上项目，2017M622864，等位基因特异的 m6A 修饰位点分析平台的构建及应用， 2017/12-2019/12，5万元，结题，主持。

6. 国家科技部，国家重点研发计划，2023YFC2705902，以'胎盘发育障碍’为主视角解析双胎妊娠严重母胎并发症发病机制，2023/12-2026/11，38万元，在研，项目骨干。

团队介绍

课题组以肝胆恶性疾病为模型，利用病人临床组织进行单细胞转录组、全外显子组等多组学测序。同时，结合TCGA，CCLE，ENCODE以及GEO等公共数据资源，利用生物信息学研究手段系统分析这些重大疾病发生发展过程中的基因组、转录组以及表观组水平的改变，探讨潜在的发生发展机制，寻找具有转化前景的干预靶点。

目前团队主要关注以下研究方向：1、生物大分子修饰的计算发现及其在肿瘤中的调控作用研究；2、利用干湿结合手段在多组学层面探究肿瘤微环境调控机制；3、开发计算方法及数据库挖掘改善肿瘤免疫治疗疗效的新靶点。